Ботанический сад расположен на пересечении улиц Лесная и Молодежная, граничит с ж/д магистралью в Ленинградском районе города Калининграда. Добраться до объекта можно на автобусе (№№ 1, 7, 30, 48, 45, 4), троллейбусе (№№ 6, 7), маршрутном такси (№№ 67, 88, 80, 81, 82) до остановки «Озёрная». Через Калининград проходят трассы А229 (на Минск), Е28, Е77, А194 (на Эльблонг), Калининград - Полесск - Большаково, Калининград - Зеленоградск, Калининград - Приморск - Балтийск, Калининград - Багратионовск. Здесь расположено управление Калининградской ж/д. Пригородные поезда и поезда дальнего следования отправляются в Москву, Санкт-Петербург, Адлер, Челябинск и др. В городе есть два автовокзала: "Старый" (пл. Калинина) и "Новый" (Московский пр-кт). Регулярные автобусные маршруты связывают Калининград с Белоруссией, Украиной, Литвой, Латвией, Эстонией, Польшей, Чехией и Германией. В 24 километрах от города находится новый международный аэропорт - Храброво.